El Gobierno nacional apeló el fallo judicial que declaró inconstitucional el decreto que suspendía la Ley de Financiamiento Universitario y lo obligaba a cumplirla. El Ministerio de Capital Humano, a cargo de Sandra Pettovello, presentó un recurso que rechaza la decisión del juez Martín Cormick, argumentando que causa un "gravamen irreparable" y "agravios concretos y de significativa gravedad institucional". El Gobierno considera que la sentencia ordena la ejecución de la ley basándose en una interpretación arbitraria y sin dar respuesta a las defensas del Estado.

Según el Gobierno, cumplir con la ley tendría un gran impacto presupuestario y comprometería el equilibrio de las cuentas públicas, ya que no se identifica una fuente de financiamiento específica. Además, cuestiona la validez del amparo colectivo presentado por el Consejo Interuniversitario Nacional y la UBA, considerándolo una vía inadecuada para resolver una controversia que requiere determinar hechos, montos y fuentes de financiamiento.

El Gobierno enfatiza que el fallo afectaría el equilibrio fiscal y que la Ley 24.629 debe interpretarse junto con las leyes 24.156 y 27.798, que regulan el gasto público. Advierten que si los mayores gastos deben financiarse con reasignaciones, se reducirían fondos destinados a otras áreas, y que la Ley de Financiamiento Universitario requeriría reasignar el 90,30% de los créditos disponibles para gastos primarios del Estado.

Finalmente, el Gobierno sostiene que la confirmación del fallo afectaría la "división de poderes" al imponer al Poder Ejecutivo la ejecución de gastos sin resolver su compatibilidad con el régimen de administración financiera y la Ley de Presupuesto vigente.