La Justicia federal ha embargado las cuentas de Flybondi a raíz de una ejecución fiscal de la Agencia de Recaudación y Control Aduanero (ARCA) por deudas impositivas impagas. La deuda, que asciende a aproximadamente $1.525 millones en capital y $1.754 millones incluyendo intereses y costas, se inició en agosto de 2026. 

Los principales conceptos adeudados son retenciones del impuesto a las Ganancias ($915 millones), IVA ($207 millones) y Bienes Personales ($133 millones), correspondientes a períodos entre marzo y junio de 2026. Gran parte de esta deuda se generó porque Flybondi retuvo impuestos de terceros pero no los ingresó al fisco.

Como resultado, se embargaron cuentas corrientes, plazos fijos, cajas de ahorro e inversiones, y se ordenó la inhibición general de bienes de la empresa. Flybondi tiene cinco días hábiles para saldar la deuda o presentar excepciones legales antes de que se transfieran los fondos al Estado.

Esta situación financiera se suma a problemas laborales: Flybondi no ha pagado los salarios de junio y julio de 2026, ni el aguinaldo a su personal activo. Además, más de 700 extrabajadores llevan tres meses sin cobrar salarios adeudados ni indemnizaciones. 

La suspensión de los aportes patronales en agosto de 2026 interrumpió la cobertura de salud de empleados y extrabajadores. Ante el silencio de la empresa, los extrabajadores han iniciado demandas contra COC Global Enterprise, el grupo del empresario Leonardo Scatturice, quien asumió el control de Flybondi en junio de 2025.