Hay alimentos que se deben preparar siguiendo algunas instrucciones de cocción, por ejemplo la papa, la cual puede tener contraindicaciones si se come cruda. Por eso existen algunas frutas que se deben consumir sin cáscara, pero existen otras en las que esta parte aporta grandes cantidades de nutrientes.

Según la Agencia Española de Seguridad Alimentaria y Nutrición (AESAN), tanto en el suelo como en el agua de riego "puede haber microorganismos patógenos y elementos químicos que en ocasiones pueden contaminar frutas y verduras".

Sin embargo, comer la fruta o verdura, con o sin piel, no es una cuestión de seguridad alimentaria, siempre y cuando se manipulen bajo condiciones específicas y se laven siempre con abundante agua.

Un estudio publicado en la revista Current Research in Food Science descubrió que las cáscaras de las manzanas, los duraznos y los caquis tienen mayores concentraciones de antioxidantes (como galocatequina, epicatequina y epigalocatequina) que la pulpa o las semillas de estas frutas.

Según la Organización de las Naciones Unidas para la Agricultura y la Alimentación, los alimentos no consumidos, incluida la cáscara, generan entre el 8% y el 10% de las emisiones de gases de efecto invernadero del mundo. Los alimentos que se pudren en los vertederos liberan metano, el gas de efecto invernadero más potente.

Algunas personas pelan frutas y verduras porque les preocupan los pesticidas que puedan tener en la superficie. Los residuos de pesticidas ciertamente se retienen sobre o justo debajo de la superficie, aunque esto varía según la especie de planta.

Sin embargo, la mayoría de estos residuos se puede eliminar mediante el lavado.

En el caso de tubérculos como la zanahoria o los rábanos se puede usar un cepillo suave para quitar los restos de suciedad que puedan haber quedado. El objetivo es evitar la acumulación de posibles gérmenes, pesticidas e impurezas que quedan atrapados en la piel. Esto es especialmente importante en el caso de la fruta y verdura porque, en la mayoría de los casos, se consumen frescos y crudos y, por lo tanto, no se someten a ningún proceso de cocción que elimine posibles microorganismos o bacterias, así como contaminantes químicos.

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